每次当黄帝和一众练气士快要追上之时。蚩尤便放出蚩尤旗抵挡一阵，自己转身就逃，如此众人追不上，蚩尤也逃不脱。
黄帝极为烦恼。就在这时从三十三天之外飞来一枚红绣球砸在蚩尤身上，将蚩尤打晕，众人忙上前将蚩尤按住，因巫族肉身神通无双，众人便欲将蚩尤琵琶骨穿透，废其神通，以便关押，可那蚩尤乃是大巫之身，一身筋骨直如精钢一般，众人皆是束手无策。
黄帝突然想起自己接任人皇之位时人教教主曾送自己一把宝剑，说是可断万物。忙将那轩辕剑抽出，将蚩尤锁骨刺穿，穿上龙筋，并捆绑一番送回大军阵中关押。
黄帝将蚩尤带回部落历数蚩尤数十条罪过，判蚩尤斩首之刑，周围深受蚩尤欺凌的各部落皆是扶老携幼前来观看
。当蚩尤被押出来时，周围爆出一片片的为黄帝的叫好声和对蚩尤的咒骂。刀斧手将蚩尤压倒，用斧钺砍去却是丝毫不伤。只听蚩尤一阵哈哈大笑：“哈！哈！哈！哈！哈！哈！轩辕小儿，吾乃大巫至深，不要说这平常斧钺，就是先天灵宝轻易也伤我不得，，哈!哈!哈!哈!!哈！”
黄帝笑道：“汝真以为我杀不死你？”
说完便将腰中悬挂的轩辕剑解下交给刀斧手说道：“可用此剑斩蚩尤之头来。”
黄帝轩辕这把剑乃是太清道人以首阳山赤铜炼制，送给轩辕以为帝剑。轩辕得此剑后，以自己名字命名为轩辕剑。
那刀斧手接过轩辕剑后便向蚩尤砍去却依然无法伤得蚩尤分毫。众人一时极为无奈，就在此时只听半空之上传来数声龙吟，众人抬头看去，只见一童子赶着五匹龙马从天而降，蚩尤看见这五匹龙马却是脸色大变。
只听那童子上前对黄帝说道：“火云宫两位圣皇命我送来五匹龙马以裂蚩尤”
黄帝大喜，忙令众人将蚩尤的四肢和头颅系在龙马身上，命五位族民向五个方向驱赶龙马，只听那五匹龙马一声长嘶，便开始向五个方向跑起，蚩尤身上也想起了吱吱嘎嘎的声响，可就是无法将蚩尤杀死。
黄帝见状从刀斧手手中拿过轩辕剑，对着蚩尤颈部及四肢连接处接连刺出五剑，只听得蚩尤一声大喊，整个整个身子被分成六份，就算这样蚩尤也还未死。
只听蚩尤笑道：“轩辕小儿，你能耐我何！我乃大巫之身，非先天法宝不可伤，你便是断我四肢，我自能重新复合。”说完后，哈哈大笑起来。
黄帝闻言。果真看到蚩尤六份的尸体竟然有渐渐复合的样子，黄帝大惊，忙让人将五匹龙马赶往六方极远之地，埋于山下，并由几位修士联手布下封印阵法，将蚩尤的六份尸体封印在大山之下，使其用不能复合。
蚩尤被五马分尸后，天下再无对手，自此黄帝在真正得到了洪荒人族所有部落的认可，成为正真的天下共主。
因为此战发生在逐鹿之野，因此又叫做逐鹿之战。
而就在黄帝刚刚处死蚩尤之后便得到消息，神农的儿子榆罔不服自己接任人皇之位，趁自己刚打败蚩尤实力损伤之时起兵叛乱。
黄帝将蚩尤斩杀之后便马放南山，准备休养生息，不料炎帝神农氏之子榆罔趁黄帝打败蚩尤实力大损之时开始大肆进攻黄帝，意图将黄帝赶下人皇之位，自己成为新的人皇。
黄帝不能容忍刚刚安定下来的天下再次发生大乱，遂起兵攻打榆罔黄帝用周鸟鹗、鹰颤为旗帜，以熊黑虎豹为前驱，与榆冈战于版泉之野。历经三战，打败了榆冈。
黄帝降封榆罔为诸侯。将他封在洛水卢氏城。榆罔不肯受封，率家人迁徙江南，后定居于湖南茶乡，以医为业，救死扶伤，深得当地百姓厚爱。
自榆罔战败于版泉之野，黄帝天下共主的地位最终确立，开始号令天下，凡是不顺从的部落，都以天子的身分去加以讨伐。前后共经四十九战，天下始归一统。
天下一统之后，黄帝加强对诸部统治，划分州野，制礼兴乐，教化百姓。同时还发明各种器具用物，方便日用。
其中，大臣曹胡发明了上衣，伯余造了下衣，於则做了鞋子。百姓们从此不再穿兽皮树皮。黄帝还依浮叶飘于水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟揖行于水上。又根据转蓬的道理发明了车辅，便利了交通。
黄雍父发明了春，黄帝接着又令人制作了釜甑，使得百姓可以蒸饭烹粥。以后又造屋室，筑城邑，使百姓不再巢居穴处。
黄帝又与歧伯作内外经，使百姓疾患得以治愈。他还确定了天下万物的名称，划分星度为28宿。
以甲乙十天干纪日，以子丑十二辰来纪月，而六旬为一甲子。黄帝有四妃十嫔。正妃为西陵氏。名嫘祖，她亲自栽桑养蚕，教民纺织，人称她为「先蚕」。
嫘祖组织一大批女子上山育桑养蚕织丝。但很快又遇到了一个大难题，蚕养了很多，茧也产了不少，但抽丝和织帛却有了困难。就在这时，群女中有一个身材矮小