式耜早年拜钱谦益为师，1616年中进士，后授江西永丰知县，颇有政绩。 1623年丁父忧返里，与西洋教士艾儒略(JulesAleni)往还，后受洗入教，取名多默(Thomas)，曾为艾氏所著性学觕述作序。
1628年，擢户科给事中，屡疏劾斥掌权佞臣，皇帝多采其言。后遭温体仁、周延儒等排挤陷害，与其师钱谦益同贬削，继而罢归常熟。式耜在乡颇治园林，以诗酒自遣，集大儒隽语为《愧林漫录》十卷。
瞿式耜是东林党人，看不惯海贼如此猖獗，你在海中，咱确实难为不了你，现在江中，这是南京，大明统治的中心地带，还治不了你？！
他到各衙门呼吁，大声疾呼尸位素餐的官员们，如果坐视不理，休怪老夫掀起大潮，弹劾南京诸官员，什么留守、南京六部、总督、巡抚、总兵等等，个个都逃不出罪责！
话说得重，几至撕破脸，然而各衙门冷淡以对，有人叫他去下关码头再瞧瞧。
瞿式耜十分好奇地重至下关码头，定睛一看，见着江面上停泊了打着东南军旗号的十条炮舰，包括四条战列舰和六条巡航舰，此时它们的炮门打开，一门门火炮就象狰狞的利器一般，对南京城虎视眈眈。
尤其是四艘战列舰，漂浮在江面上如小山般巨大，端的是炮管如林，杀气腾腾！
对比的是江南水师的哨船，就象小朋友去怼大人，江防炮台的火炮，更是小得可怜！
瞿式耜作声不得！