然而，就在大秦休养生息、积蓄实力之时，一场非常意外的军事冲突却不期而至。
1679年初，西北边境传来警讯。平定了蒙古杜尔伯特、辉特等漠西卫拉特各部的准噶尔汗国突然举兵进入青海，试图要将这块原和硕特汗国的地盘纳入其麾下。
是时，主政西北地区的吴三桂病重卧床，不能视事，其子吴应麒胆小怯懦，有意让出青海。但据守西宁的悍将王辅臣不甘多年经营的地盘就此让与蒙鞑，坚决主张抵抗。在新年之际，带兵三千，从西宁急袭兰州，在内应的帮助下，一举控制城，并斩杀吴应麒、吴三桂女婿郭壮图及方光琛，闷死病重的吴三桂。
随后，王辅臣遣使至秦州（今天水），急告大秦甘凉都督熊天霖，请朝廷速发天兵至青海，以驱蒙鞑。
熊天霖闻报后，在尚未得到陕西总督的命令情况下，提兵三千，冒风顶雪，迅疾杀向兰州。
控制了兰州城后，熊天霖一边不断请命陕西速派援军，一边派出一千军兵随同王辅臣所属部队赶至大通（今青海门源县城），警戒进入青海地区的准噶尔部。他则领两千精锐，弹压城中乱局，整顿数千军心大乱的吴军。
准噶尔汗王噶尔丹派出使者与秦军交涉，提出此地原为蒙古和硕特部领地，境内还有为数众多的蒙古部落。那么准噶尔来此，特为统一蒙古诸部，是部落内战，请求大秦不要干涉。
熊天霖则觉得，这青海一带为当年吴三桂所破，并纳入治下。而吴三桂早在十年前便向曾经的大明上表归附。如今，这里自然也成了我大秦的地盘，而且人家都求到我了，我如何能置之不理。
于是，熊天霖将准噶尔使者赶出兰州城后，没有再理会噶尔丹，而是继续催促后方派兵增援。
噶尔丹一看，好话不听呀！但想硬打却也未必打得过，侧后方的叶尔羌汗国还未征服，位于西藏的和硕特汗国又暧昧不清，自己所带的蒙古骑兵仅四千余骑，而且还是孤军深入。可若不打，青海地区的蒙古部落又将如何看待自己。
要知道，他在去年冬天，才接受大赖授予的“丹津博硕克图汗”称号，还想着自己在带兵进入青海、西藏后，一定会让各地蒙古部落争相影从，投附准噶尔汗国，从而轻松征服和硕特汗国。
但没想到，这些汉人却仍旧能牢牢把控着青海的局势，丝毫不给他任何机会。一时间，噶尔丹便陷入进退两难的境地。
僵持到四月上旬，闻知秦军陆续汇集至兰州的部队规模已达一万两千余，自知没有战胜的把握，噶尔丹无奈之下只能撤军。
准噶尔部军队虽然已经撤走，但聚集于西宁、兰州的秦军却并没有返回内地，而是精选了六百精锐和八百蒙古部族武士，趁天气转暖之际，朝西藏拉萨城进发，准备以强大的武力威慑，将和硕特汗国收服，斩断其与准噶尔汗国之间的联系，稳定西南边疆局势。
6月15日，秦军进抵原大明朵甘思宣慰司地玉树，收服当地的囊谦王族所属部落。
7月2日，秦军进占昌都，尽俘和硕特汗国官员和地方喇嘛。
拉萨城内的和硕特汗国达.赖汗（不是那个喇嘛，又称热丹台吉）和五世大.赖.喇.嘛闻讯后，震恐不已，立即分别派出各自使者前往昌都，哀求天朝大军勿要进军拉萨，行杀戮之举。
秦军领兵将领敬告和硕特汗国和五世大赖喇嘛派来的使者，立即举国降附，向大秦称臣纳贡。否则，天朝大军数万官兵将杀入拉萨，尽屠其众。
在经过一番激烈讨论，又权衡利弊后，和硕特汗国达.赖汗被迫屈服，派族弟甘丹策旺前往兰州，上表归附大秦。
而五世大.赖.喇.嘛则应允，会率僧众官员于六月启程前往南京，敬拜大秦皇帝，接受册封，并表示臣服。
至七月中旬，困扰大秦西北和西南的边患，就在一个非常偶然的事件中得以暂时消解，而且还扩地数千里，这让两年前还在朝鲜碰得满头是包大秦朝廷，声势大涨。
但是，这场短促的军事行动，因为距离内陆腹心地区太远，以至于耗费了大量的金钱和物资，前后靡费白银两百多万两，将从齐国借来的贷款，给花去了大半。
开疆扩土，收纳和硕特汗国，将大秦势力延伸至河西走廊最西端和原乌斯藏地区，却让皇帝孙可望得意非常。兴奋之余，皇帝便在南京紫禁城中大宴群臣。
然而，乐极生悲，孙可望竟然于9月15日夜间，酒后宠幸美人时，猝死于龙榻之上，丢下了他创立的大秦帝国。
新君孙征灏在数位重臣宿将的支持下，登基继位，成为大秦帝国第二代皇帝。考虑到先帝刚刚故去，西北准噶尔隐然有再度入寇青海和河西走廊的苗头，北方那个归附的清虏余孽也开始蠢蠢欲动，准备勾连喀尔喀蒙古，行图谋辽东之举。
北明朝廷虽然被齐国给摁住了，没有直接发起军事挑衅，但却鼓动朝鲜东南三道和西