本国政府指令，正式向苏联建议，缔结“中立条约”，并提出了中立条约草案。10月30日，日外务省又制订了《调整日苏邦交纲领草案》，向苏联提出缔结互不侵犯条约，建议把双方间一切有争议的问题留待缔约后解决。苏联方面对日方的建议十分重视。在1940年7月接到日方提出的中立条约草案后，立即在8月作出了答复。10月30日，当日方又向苏方提出缔结互不侵犯条约的建议后，苏方于一周后迅速提出了“中立条约”草案。此后，双方围绕着条约草案的有关条款进行经常性接触。
1941年3月23和24日，日本外相松冈在前往德意访问途中在莫斯科作短暂逗留，在苏联外交人民委员部招待会上说，他在访问柏林、罗马回来后，立即就改善苏日关系开始进行谈判。这个时候他还没有收到关于上高战役的战报，并不知道日本陆军已经遭遇到了一个重大的失败，大日本帝国在支那腹地的防线出现了薄弱的环节。他也不知道就在24日夜间，日本本土再次遭到了袭击，日军储存了多年的化学武器和生产工厂毁于一旦。
当他接到日本首相的紧急电文后，立即停止了前往德意的旅程，转身回来跟苏联专门商谈缔结互不侵犯条约一事。日本急需跟苏联达成和平的协议，以便调集精锐的关东军和飞行队来补充岌岌可危的防线，抵消中国的空中优势。
日本外相松冈原本建议双方缔结互不侵犯条约以替代此前的朴茨茅斯条约和北京条约某些条款，并以放弃某些“渔业权利”为条件，购买苏属库页岛。但是现在是日本人急于缔约，苏联方面反而有所依仗。经过艰难的谈判，双方终于在1941年4月3日以苏联提出的条约文本为基础，签订了《苏日中立条约》。
《苏日中立条约》规定，“缔约双方保证维持他们之间的和平和友好关系，并相互尊重缔约另一方的领土完整和不可侵犯；如果缔约一方成为第三者的一国或几国的战争对象时，缔约另一方在整个冲突过程中将保持中立。”在构成其附件的声明中双方约定：“按照新签订的中立条约的精神，并为保证两国间的和平和友好发展的利益，苏联政府和日本政府庄严地声明：苏联保证尊重满洲国的领土完整和不可侵犯，日本保证尊重蒙古人民共和国的领土完整和不可侵犯。”
《苏日中立条约》中，苏联牺牲了中国的利益以保证其领土安。东北和外蒙古自古以来就是中国领土，日本以战争的手段占领整个东北，为迷惑世人，建立了傀儡政权“满洲国”；苏联出于自身安和输出革命的需要，以减缓与中日直接磨擦为目的，在外蒙扶持了蒙古国。国际联盟各成员国均承认满洲和外蒙是中华民国领土不可分割的一部分，拒绝认可用非常手段扶植起来的“满洲国”和蒙古国。在《苏日中立条约》签订前，只有法西斯日本及其盟国承认伪满洲国，只有苏联承认蒙古国。日本曾以国际联盟不承认满洲国为借口，退出国际联盟，说明日本在国际上十分孤立。但《苏日中立条约》明文规定，苏联承认满洲国和日本承认蒙古国为独立的主权国家。苏日双方以相互承认其卫星国的独立，即牺牲中国利益的方式达成的交易是对中国主权的一种干涉，这是对国际准则的公然蔑视。
而且在1937年8月中苏双方签订的为期5年的《中苏互不侵犯条约》中明文规定，若缔约一方受到非缔约的一国或数国侵略时，缔约另一方“在冲突部期间，对于该第三国，不得直接或间接予以任何协助，并不得采取任何行动，或签订任何协定，该侵略国得以施行不利于受侵略之缔约国”。该条约签订不到四年，苏联为一己之利，就违背了条约的规定，宣布承认满洲国，这实际上是拿中国的主权与侵略成性的法西斯作交换，纵日南进，确保苏联远东安，对法西斯日本侵略中国予以事实上的承认。
“这无疑是对中国的背叛！”驻苏联大使邵力子在发回的电文中这样说到。他这个大使被苏联外交人民委员莫洛托夫耍得团团转，直到条约公布后才收到这个消息，气急败坏地他立即向国内发来电报征询意见。